首先，自流井機械密封部件容易失效。旋轉設備在運行過程中，受環境影響，密封面容易損壞和變形。就像彈簧一樣，用久了會斷裂、腐蝕、松弛。自流井機械密封內部零件的密封圈也會扭曲變形，在自流井機械密封運行過程中容易發生泄漏。自流井機械密封內部容易產生熱量，產生熱量的原因是密封端面造成的頻繁泄漏。
　　第二是輔助密封圈引起的泄漏，另一種是彈簧引起的泄漏。另外，自流井機械密封也會因為傳動、緊固、零件質量問題而泄漏，密封圈是經常出現的問題。
　　自流井機械密封安裝不慎也會導致自流井機械密封泄漏。變形、損壞、污染是泄漏的原因，壓蓋不壓、機械設備精度不夠、密封面不完整會造成泄漏。
　　一旦發生泄漏，主要是密封端面會受到影響，壓縮量也會受到影響。一般自流井機械密封內部部件會有轉動，軸向竄動比較大，容易造成泄漏。自流井機械密封內部一定有壓力，這些壓力的降低很容易導致泄漏。可以看出，自流井機械密封的端面需要按照標準壓力來設計，才能起到密封作用，而機械密封的內彈簧需要設定一定的壓縮量，才能給機械密封適當的推力，這樣會更容易轉動產生壓力。在機械密封過程中，要求泵軸不應有過大的壓力，要求按要求操作。在實際設計中，有許多不合理的現象，也是由于泵軸竄槽過多造成的。這在機械密封中沒有起到很好的作用。
　　機械密封在整個運行過程中振動幅度比較大。在機械密封中，很容易因振動而導致密封失效，振動大的原因有很多，這與密封本身的性質和機械密封的內部部件有關。機械密封內部零件分散、氣壓不均是振動的根本原因，設計不合理也是原因之一。